Según consta en el primer libro de Actas, el 23 de septiembre de 1886, se reunieron en la sala de actos del excelentísimo Ayuntamiento de Santander, citados por una comisión nombrada para la constitución de la Cámara de Comercio de Santander, un gran número de comerciantes e industriales, con el fin de aprobar su proyecto de reglamento de régimen interior y elegir a su junta directiva. El Real Decreto de 9 de abril de 1886 había creado las Cámaras Oficiales de Comercio, Industria y Navegación, en sustitución de las antiguas corporaciones que registra la historia mercantil española, tales como las Juntas de Agricultura, Industria y Tierra, Consulados del Mar y Tierra, etcétera. Para pertenecer a la Cámara se requería en la citación ser español, comerciante, industrial o naviero por cuenta propia con cinco años de ejercicio, pagar contribución directa al Estado por alguno y contribuir al sostenimiento de la institución con la cuota que se fije en el reglamento orgánico. Los fines que se marcaron fueron, según el Boletín de Comercio de Santander, de dicha fecha, "pedir o proponer al Gobierno las reformas, beneficiosas para el comercio, la industria y la navegación. Proponer la ejecución de obras o el establecimiento de reformas de los servicios públicos. Dirigir y organizar las exposiciones comerciales y de industrias terrestres o marítimas. Procurar la uniformidad de los usos y prácticas mercantiles. Resolver como jurado las cuestiones o diferencias que sometan a su decisión los comerciantes, industriales o navieros. Fomentar la enseñanza en los ramos aplicaciones de su institución. Deducir entre los tribunales las acciones criminales, para la persecución de los delitos contra sus intereses".

En la elección de la junta directiva se nombró, a propuesta del señor Botín, una comisión, que fue aprobada, con los siguientes nombramientos:
Presidente, don Angel B. Pérez; vicepresidente, don Estanislao Abarca; contador, don Ramón López-Dóriga; tesorero, don José María González-Trevilla; secretario, don Faustino Odriozola; vocales, don Antonio F. Baladrón, don Eduardo L. Dóriga, don Teótimo Illera, don Ángel Valle. Como vocales suplentes, don José María Anieva, don Manuel Velarde y don Federico Rodríguez.

Posteriormente pasaron a regirse por la Ley de Bases de 29 de junio de 1911, derogada en la actualidad por la Ley 3/93, Básica de las Cámaras Oficiales de Comercio, Industria y Navegación de España y de su Consejo Superior.

La relación de presidentes que ha tenido esta corporación a lo largo de su historia ha sido:

El primer domicilio cameral fue en la calle Eugenio Gutiérrez, 3, pasando en 1940 a la calle San José, 18. Con motivo del incendio de Santander, trasladó sus oficinas, en febrero de 1941, al Club de Regatas, en la calle del Martillo, regresando a la calle San José en el verano de ese mismo año.

Durante la reconstrucción de la ciudad, y mientras se alzaba su actual sede, tuvo su domicilio en la calle de Calvo Sotelo, 19, y en abril de 1956 se trasladó definitivamente al actual emplazamiento de la Plaza de Velarde (popularmente llamada Porticada), número 5.

En 1913 se crea, con carácter independiente, la Cámara de Comercio de Torrelavega, de carácter local, con denominación exclusiva en el término municipal de Torrelavega, quedando la de Santander con jurisdicción para el resto de la provincia.

A lo largo de sus 125 años de vida, la Cámara de Comercio de Cantabria ha cumplido sus fines de representación y fomento de los intereses generales del comercio, la industria y la navegación, y ha ejercido su papel de consultora de las administraciones públicas en los asuntos que, estando relacionados con la vida económica del país, afectan a los intereses generales del comercio, la industria y la navegación, y entre las múltiples actuaciones que ha llevado a cabo se pueden destacar las realizadas a favor del ferrocarril Santander-Mediterráneo, tema en el que, entre otros, convocó y presidió su presidente, don Eduardo Pérez del Molino, el 7 de abril de 1933, la llamada Manifestación Monstruo, en la que unos 40.000 santanderinos se manifestaron ante el Gobierno Civil, como protesta a la actitud contraria del Ministerio de Obras Públicas, del que era titular don Indalecio Prieto.

Promueve la creación del Depósito Franco de Santander, cuya presidencia ostenta, interviene decisivamente en la electrificación del ferrocarril de Alar-Santander, en la instalación y posterior ampliación del aeropuerto de Santander, en la consecución del Polígono Industrial de Guarnizo, y en la creación de un pabellón de su propiedad en la Feria Internacional de Muestra de Castilla y León, en Valladolid, para exposición en dicha feria de productos de Cantabria, y en todo tipo de gestiones relacionadas con las carreteras y el puerto que, por su gran número y variedad, resultaría imposible detallar.

Entre sus variadas publicaciones destaca la revista "Economía Montañesa", que apareció durante los años 1949 a 1955.

Poseen la Medalla de Oro al Mérito de las Cámaras de Comercio, otorgada por el Consejo Superior de Cámaras de Comercio de España, máximo galardón que conceden estas instituciones, don Pedro Pérez del Molino y Pombo, don Modesto Piñeiro Ceballos y don Fernando María Pereda Aparicio.

En marzo de 2007, la Cámara concedió la Medalla de Oro de la institución al Banco Santander, con motivo del 150 Aniversario de su fundación y en reconocimiento a su importantísima aportación al desarrollo económico y empresarial de Cantabria, así como a la difusión por todo el mundo del nombre de Santander.